in načini širjenja okužbe so lahko različni.Kolonizacija, ki jo posredujejo patogeni, lahko dejansko poteka z:
- Naraščajoča pot iz mehurja (najpogostejša): iz presredka (ali iz vaginalnega vestibula pri ženskah) se mikroorganizmi dvignejo v sečnico, nato v mehur, do ledvic; glavni vzroki okužba pri ženskah je v deformaciji sečnice med spolnim odnosom, pri moških pa je pogosto sekundarna zaradi prostatitisa. Pri kateteriziranih bolnikih lahko pride do kontaminacije po namestitvi ali manipulaciji katetra s posledičnim možnim vzponom patogenov v mehur .
- Pot po krvi navzdol: skozi krvni obtok med septikemijo patogeni dosežejo ledvice in povzročijo nefritis in ledvične abscese.
- Descendentna limfna pot: mreža limfnih žil povezuje naraščajoče debelo črevo z desno ledvico in padajoče debelo črevo z levo ledvico.
Mikroorganizmi, vključeni v pielonefritis, so običajno enaki za okužbe sečil, genitalij in prebavil, zato v mehurju, prostati, materničnem vratu, nožnici, sečnici ali danki: Escherichia coli, Klebsiella spp., Proteus spp., Enterococcus spp. itd.
V večini primerov ti patogeni predstavljajo bakterije fekalne flore, ki gredo po naraščajoči poti, čeprav na splošno peristaltika (premiki krčenja in raztezanje sten sečil) izvajajo "učinkovit zaščitni učinek proti okužbam.
Občasno poročajo o drugih nenavadnih mikroorganizmih: mikobakterijah, kvasovkah in glivah ter oportunističnih patogenih, kot so Corynebacterium urealyticum.