Neželeni učinki probiotikov še niso dobro dokumentirani zaradi številnih spremenljivk, ki vplivajo na zadevne študije.
/ kvasovke, ki kažejo "pozitivno delovanje na" ravnovesje črevesne bakterijske flore; kateri od številnih probiotičnih sevov pa je najbolj primeren za uravnavanje "naše" črevesne kolonije? Genetika, poznavanje, subjektivnost, dojenje, način življenja, prehrana itd. to so neznane lastnosti, ki vplivajo na izbiro ustreznega bakterijskega seva in jih je treba ovrednotiti, da se izognemo stranskim učinkom probiotikov.
Vendar pa so raziskave o generičnih učinkih probiotikov pokazale več vidikov, ki nas sprašujejo glede lahkotnosti uporabe te terapije.
proti kovinam ali mineralom v farmacevtskih izdelkih; prisotnost teh "onesnaževalcev" omejuje terapevtsko uporabo nekaterih izdelkov le na potrošnike, ki nimajo s tem povezane preobčutljivosti.
